Народився 17 листопада 1901 року в селі Доросині Волинської губернії, в родині священника. В сім’ї Хотовицьких було 13 дітей, з них двоє були близнюками — Антоній (архієпископ Аліпій) і Володимир, а інші 11 дітей померли у ранньому віці. Дядько архієпископа Аліпія був окулістом і асистентом академіка В. П. Філатова, прадід Степан Хомич Хотовицький — першим у Російській імперії вченим-педіатром, який виділив педіатрію в окрему галузь медицини і визначив її цілі і завдання.
Закінчив Доросинівську церковно-приходську школу, Мацновське духовне училище, Житомирську духовну семінарію і Житомирське пастирське училище.Після революції в еміграції в Польщі в зв'язку зі зміною державних кордонів.
У 1922 році висвячений в сан диякона і священика єпископом Волинським Аверкієм (Кедровим) і служив на парафіях Житомирської єпархії.
З 1937 року перебував на цивільній службі.
З 1941 року — благочинний Житомирського округу.
З 1947 року — настоятель Миколаївського собору в Бердичеві і благочинний округу.
З 1955 року — настоятель Михайлівської церкви в Житомирі, потім єпархіальний ревізор і секретар архієпископа Житомирського.
10 червня 1958 пострижений в чернецтво в Києво-Печерській лаврі, а 11 червня того ж року зведений у сан архімандрита.
15 червня 1958 хіротонізований на єпископа Полтавського і Кременчуцького.
З 23 листопада 1960 року по 16 березня 1961 тимчасово керував Харківською єпархією.
З 19 липня по 14 листопада 1961 тимчасово керував Сімферопольською єпархією.
З 14 серпня 1961 року — єпископ Дніпропетровський.
З 14 листопада 1961 року — єпископ Полтавський і Кременчуцький.
З 30 березня 1964 року — єпископ Вінницький і Брацлавський.
24 квітня 1966 зведений в сан архієпископа і призначений тимчасово керуючим Київською єпархією.
14 травня звільнений від тимчасового управління Київською єпархією.
11 листопада 1975 звільнений на спокій через хворобу з призначенням архієрейської пенсії. Місцем проживання визначено Одеський Успенський чоловічий монастир.
У 1976 році здоров'я Владики Аліпія погіршилося, він осліп і був прикутий до ліжка.
Помер 30 травня 1977 року. Відспівування 1 червня звершив митрополит Одеський і Херсонський Сергій.
Похований на монастирському кладовищі Одеського Успенського монастиря.